RSUP Dr. Johannes Leimena adalah Satuan Kerja / Unit Pelaksana Teknis. Rumah sakit ini bertanggungjawab kepada Direktur Jenderal Pelayanan Kesehatan Kementerian Kesehatan RI. Berlandaskan dari Permenkes 34 Tahun 2019 telah ditetapkan Struktur Organisasi dan Tata Laksana RSUP Dr Johannes Leimena. Dan berdasarkan Surat Izin Operasional dari Gubernur Nomor 01/DPMTSP/RS-B/2019 ditetapkan sebagai Rumah Sakit Kelas B. RSUP Dr. Johannes Leimena merupakan Rumah Sakit Rujukan untuk Maluku dan Maluku Utara. Tugas dari rumah sakit ini untuk menyelenggarakan pelayanan kesehatan perorangan secara paripurna, pendidikan dan pelatihan, penelitian dan pengembangan secara serasi, terpadu, dan berkesinambungan.

MISI

1. Melaksanakan pelayanan kesehatan yang lengkap dengan unggulan pelayanan kesehatan kemaritiman terpadu, pelayanan penyakit kanker terpadu dan Penyakit Jantung terpadu di Indonesia bagian timur.
2. Menjadi Wahana pendidikan dan pelatihan yang berkualitas bagi peserta didik dan peserta latihan.
3. Mengembangkan SDM bidang kesehatan yang berkompetensi dan berkinerja Menjadi pusat riset dan pengembangan teknologi kesehatan kemaritiman
4. Menumbuhkembangkan sistem informasi Rumah Sakit yang handal
5. Membangun Jejaring dengan Stakeholders Kesehatan lainnya di dalam dan Luar Negeri

TUJUAN

1. Menyelenggarakan pelayanan kesehatan yang paripurna pada seluruh layanan terutama pada layanan unggulan
2. Menjadi Wahana Pendidikan dan pelatihan yang berkualitas
3. Mengembangkan SDM bidang kesehatan yang berkomptensi sesuai dan berkinerja tinggi
4. Menjadi Pusat Riset dan pengembangan teknologi kesehatan kemaritiman
5. Menumbuhkembangkan Sistem Informasi Rumah Sakit yang handal
6. Membangun Jejaring dengan stakeholder kesehatan dalam rangka peningkatan indicator pelayanan kesehatan masyarakat.