RS Muhammadiyah Gresik dulunya adalah Balai Kesehatan Ibu dan Anak ‘Aisyiyah. BKIA ini sudah ada sejak tahun 1969. Namun belum memiliki lahan sendiri, jadi lokasinya sering berpindah-pindah karena masih mengontrak.

Selanjutnya BKIA ‘Aisyiyah ini ditingkatkan fungsinya menjadi Rumah Bersalin ‘Aisyiyah tahun 1979. Rumah bersalin ini menempati gedung milik sendiri di Jl. Sindujoyo No. 4. Peresmiannya di tanggal 23 Jumadil Awal 1339 H atau tanggal 21 April 1979 M. Pada periode ini pengelola Rumah Bersalin ‘Aisyiyah Gresik adalah Pimpinan Daerah ‘Aisyiyah Kabupaten Gresik.

Pengembangan dan peningkatan Rumah Bersalin ‘Aisyiyah terus berlangsung. Sehingga menjadi rumah sakit anak bersalin Muhammadiyah Gresik pada tahun 1996. Dengan ijin sementara pengelolaan dari Kanwil Depkes RI Jawa Timur sejak tanggal 21 September 1996 hingga 21 September 1997 dan surat Perpanjangan ijin sementara sejak tanggal 21 September 1997 hingga 21 September 1998.

Sejak Peningkatan fungsi menjadi Rumah Sakit Anak dan Bersalin , maka pengelolaannya diambil alih oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kabupaten Gresik dan pada tanggal 09 November 2005 berganti nama menjadi Rumah sakit Muhammadiyah Gresik hingga sekarang.